Naast de grote landschappelijke en cultuurhistorische waarde heeft het kanaal op sommige plaatsen ook een grote natuurwetenschappelijke waarde. Tien verschillende bodemtypen die het kanaal doorsnijden zijn oorzaak dat de oevers ondanks haar rechtlijnig tracé vol afwisseling zit voor wat de flora en vegetatie betreft. Ook de afwisseling in voedselrijke en voedselarme gronden, het zeer gelijkmatige microklimaat van sommige zuidoevers (beschutting door naastliggende bossen) en het extreme microklimaat op de noordoevers spelen daarbij een grote rol. Vooral daar waar het kanaal de natuurgebieden Agelerbroek, Oude Broek en Volterbroek doorsnijdt en de oevers tussen het Omleidingskanaal en de Duitse grens is een eldorado voor de wilde plantenliefhebber.

Alhoewel de laatste jaren de rijkdom van vooral (vrij) zeldzame planten is afgenomen zijn er toch zo'n 300 plantensoorten te vinden, bijna een kwart van de Nederlandse flora, waarvan veel vrij tot zeer zeldzame planten. In dit kader kunnen o.a. worden genoemd Steenanjer, Lange Ereprijs, Vogelpootje, Wilde Nagel, Walstro, Gevlekte Orchis, Grasklokje, Vrouwenmantel, Gelen Morgenster en ga zo maar door. Kortom vooral in juni en juli zijn op een aantal plaatsen de kanaaloevers bont gekleurd en een lust voor het oog.

De vogelstand langs het kanaal is minder spectaculair dan de flora. Toch kunnen attente kanovaarders genieten van vogels van diverse pluimage die plotsklaps de oevers bezoeken. Ze huizen veelal in de het kanaal omringende bossen, zoals de specht, de sperwer, de buizerd, de havik en de grote gele kwikstaart. En als het echt stil is zou u ook het ijsvogeltje langs het kanaal kunnen ontmoeten en ook de Koekkoek ontbreekt niet langs het kanaal die parasiteert op de nesten van de vele karekieten die het kanaal herbergt.

Alhoewel de rotary van Ootmarsum langs het kanaal nabij Denekamp enkele vissteigers deed realiseren, in eerste instantie bedoeld voor minder valide hengelaars, moet het water in het kanaal als arm-viswater worden aangemerkt. De vispopulatie bestaat in hoofdzaak uit snoek, baars, witvis, voorn en brasem.